• İnstitutun əsas fəaliyyət istiqamətlərindən biri respublika ərazisində açıq və örtülü şəraitdə becərilən kənd təsərrüfatı, meşə, yaşıllıq, dekorativ və dərman bitkilərinin zərərverici, xəstəlik və alaq otlarının növ tərkibinin, yayılma arealının, başlıca zərərli orqanizmlərin bioekoloji xüsusiyyətlərinin və onların vurduğu zərərin öyrənilməsi əsasında ekoloji baxımdan təhlükəsiz mübarizə tədbirlərinin işlənib hazırlanması.

• Respublika ərazisində yayılmış karantin zərərli orqanizmlərin bioekoloji xüsusiyyətlərinin öyrənilməsi və onların qısa və uzunmüddətli inkişaf proqnozunun hazırlanması.

• Yüksək rəqabət qabiliyyətliyinə malik ixrac yönümlü, respublika üçün prioritet hesab edilən bitkilərin zərərli orqanizmlərinə qarşı inteqrir mübarizə tədbirlərinin işlənib hazırlanması.

• Zərrəli orqanizmlərdə pestisidlərə qarşı davamlılığın molekulyar-genetik əsaslarının öyrənilməsi

• Respublikaya daxil olan pestisidlərin, bioloji vasitələrin və preparatların istehsalı, sınağı, optimal normaların müəyyənləşdirilməsi və tətbiq reqlamentlərinin hazırlanması.

• Respublikanın ayrı-ayrı bölgələri üzrə fitosanitar vəziyyətin qiymətləndirilməsi.